Das EBA ist Aufsichts- und Genehmigungsbehörde für inländische, mehrheitlich im Besitz des Bundes (amtliches Kürzel EdB = "Eisenbahnen des Bundes") befindliche Eisenbahninfrastrukturunternehmen und für deutsche und deutschlandweit operierende ausländische Eisenbahnverkehrsunternehmen.

Nichtbundeseigene öffentliche Eisenbahnen und nichtöffentlich betriebene Bahnen unterliegen der Aufsicht der Bundesländer. Diese haben die Möglichkeit, die Aufsicht an das EBA zu übertragen (§ 5 Abs. 2 AEG). Bisher haben 13 Bundesländer, mit Ausnahme von Niedersachsen, Berlin und Hamburg, dies so geregelt. Das EBA wird in solchen Fällen auf Weisung und Rechnung der Länder tätig.

Das EBA ist einstufig organisiert. In der Zentrale in der Bundesstadt Bonn bearbeiten über 300 Mitarbeiter Grundsatzfragen, weitere 1000 Personen erledigen in zwölf Außenstellen an 15 Standorten das operative Geschäft zur Aufsicht und Zulassung in Einzelfällen vor Ort (darunter fallen aber auch ganze Bahnhofsanlagen). Unter die Zuständigkeit des Eisenbahn-Bundesamtes fällt auch die Unfalluntersuchung bei Eisenbahnunfällen.

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